对于与保费补贴相关的保险费率条款制度做出要求
保费补贴是基于保险费率，保费科学合理与否决定着保费补贴的合理和有效与否，所以《办法》第三章专门来说跟保险费率的有关的问题。文件制定者根据10年农业保险发展的经验，用了7个条款，对于费率精算、利润核算和展业、定损、理赔方面，做出了具体的要求和规定。主要包括四点：
第一，要合理确定政府补贴的险种的保险费率。
与美国加拿大的农业保险由政府定价的办法不同，我国由政府补贴保险费的农业保险险种，其费率都是由经营农业保险的机构厘定的，所以《办法》在这里强调《农业保险条例》中的有关规定，即对于“属于财政给予保险费补贴险种的保险条款和保险费率，经办机构应当在充分听取各地人民政府财政、农业、林业部门和农民代表意见的基础上拟订。”以保证其公平性与合理性。
第二，中央财政主要支持自然风险的保险，只提供“直接物化成本”保险的保费补贴。
《办法》强调，中央财政支持的农业保险，主要补贴以灾害和意外事故为保险责任，以农林牧简单再生产所需要的“直接物化成本”为保障水平限度的保险产品。对于产量保险，价格保险和各种天气指数保险，“可由地方财政部门给予一定比例补贴”。
《办法》还详细界定了种植、养殖和林业生产的保险保障都包括什么内容，例如，种植业的保险保障水平原则上是“保险标的生长期内所发生的直接物化成本，包括种子、化肥、农药、灌溉、机耕和地膜等成本。”养殖业提供的保障“原则上为保险标的的生理价值，包括购买价格和饲养成本”。而森林保险原则上保障的是“林木损失后的再植成本，包括灾害木清理、整地、种苗处理与施肥、挖坑、栽植、抚育管理到树木成活所需的一次性总费用”。
当然，对于超过上述“直接物化成本”的保额相应的保险费部分，是由地方政府根据自己的实际情况“提供一定的补贴，或由投保人承担”。就是说，对于超出“直接物化成本”的那一块，中央财政不承担保费补贴责任。说明中央财政可能对高保障可能带来的财政压力和赔付风险尚心存疑虑。
第三，要逐步建立农业保险费率调整机制，合理确定费率水平。
农业保险费率的科学性与合理性，在这10年中一直受到某些质疑，于是在2014年产生了财政部《关于农业保险大灾风险准备金管理办法》，要求其将超过产险行业平均承保利润率（即“1—综合成本率”）的那部分承保利润，放进“利润准备金”，而不能进入公司的利润也不能转增资本。在现今这个《中央财政农业保险保险费补贴管理办法》中，进一步要求，无论综合财产保险公司还是专业农业保险公司，每年农业保险经营的“承保利润率”超过财产保险行业（或业务）的平均承保利润率，其保险费率就应该适当降低。而且规定省级财政部门要依法予以监督。
第四，对保险赔付做出了限制性规定，特别是首次规定可以实行“无赔款优待”。
《办法》重申了2015年《中国保监会财政部农业部关于进一步完善中央财政保费补贴型农业保险产品条款拟订工作的通知》中的规定，对于政府补贴的农业保险险种“不得设置绝对免赔，科学合理的设置相对免赔”。这个规定体现的是在低保障水平条件下对投保农户利益的保护。
为了进一步保护投保农户的利益，这里吸收了商业保险行业的通行做法，那就是实行“无赔款优待”。《办法》规定，今年如果无赔款，次年“在下一保险期限内给予一定保险费减免优惠”。这项对保险行业很普通的规定，对农险来说却是很新颖的政策。
当然，根据对《办法》第十五条第二款的理解，农业保险保费是由多家承担的，那么费率减低的优惠也要各方同比例受惠。这虽然合理，但操作起来恐怕有一定的难度。此前，在四川曾经试验过类似的无赔款优待的政策，只不过，当时四川在无赔款的次年只优惠投保农户，他们可以免于缴纳自己要承担的那20%的保险费。